最大的区别是：喷雾干燥机进去液体出来粉末；闪蒸干燥机一般而言进去的是含水5％至70％的固体物料，出来粉末（上述只是普通概括与区分，最终物料能否适用喷雾干燥机及闪蒸干燥机，还要具体看物料特性）。

喷雾干燥机用于将液态物料（如溶液、悬浊液、糊状物料等）直接干燥脱水成为粉末颗粒状；闪蒸干燥机则用于含水固态“粉基”物料（如经压滤机压滤后的滤饼）的烘干，最终成为粉状。